| 運輸規劃科 | 交通運輸政策釐訂、陸、海、空運輸系統整體規劃、督導交通相關各項業務協調整合、策訂審議及執行督導、道路安全會報有關事宜、道路交通安全教育與政策宣導等事項。 |
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| 停車工程科 | 本市停車政策研擬、停車場用地管理維護及設置開發之規劃、停車場用地之徵收撥用與地上(下)物之拆遷補償、公有路外停車場興建及維修工程之設計、施工與驗收、自行 車架規劃設置及維護、停車場經營設置（變更）登記、稽查管理及違規裁處等事項。 |
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| 運輸管理科 | 汽車運輸業管理、公車動態資訊系統建置及維護、車輛動員等事項。 |
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| 交通工程科 | 交通管制工程規劃，標誌、標線、號誌設施及安全設施等工程之設計、施工、驗收，交通管制設施裝設及維修、號誌設備新設、車輛行車事故鑑定之督導、車輛行車事故覆議等事項。 |
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| 運輸監理科 | 大眾捷運系統營運、財務、安全監理、輪船公司營運、財務、安全監理、小船經營業管理及裁罰、愛河水域交通管理、計程車運輸業管理、計程車共乘、計程車彈性運輸服務、觀光計程車、通用(無障礙)計程車專案管理、優良職業汽車駕駛人表揚等事項。 |
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| 運輸設施科 | 公共運輸轉運站、候車設施、專用道、船舶停靠等設施興建等事項。 |
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| 交通事件裁決中心 | 違反道路交通管理事件裁罰、移送強制執行及債權憑證業務等事項。 |
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| 停車管理中心 | 紅黃線及停車格施工、路邊停車格收費管理、轄管停車場營運管理。 |
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| 智慧運輸中心 | 智慧型運輸系統之規劃、設計、建置、運作、維護、資訊交換、協調與整合、全市交通號誌系統之時制計畫設定、變更及改善等事項。 |
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| 資訊室 | 綜理一般資訊業務及依法辦理資通安全業務。 |
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| 秘書室 | 綜理文書研考、檔案、出納、財產、採購、事務及職工管理。 |
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| 人事室 | 依法辦理人事管理業務。 |
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| 會計室 | 依法辦理會計管理業務。 |
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| 政風室 | 依法辦理政風業務。 |
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| 高雄市輪船公司 | 掌理本市公共輪船業務。 |
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| 車輛行車事故鑑定委員會 | 受理民眾申請或司(軍)法機關囑託行車事故鑑定事宜。 |
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